结论：无证驾驶有牌照的三轮电动车闯红灯是违法的，但通常不会直接扣车主的驾驶证分，因为无证驾驶者本身没有驾驶证可扣。不过，无证驾驶和闯红灯都会受到相应的行政处罚。
详细分析：
无证驾驶的法律后果：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，无证驾驶机动车（包括三轮电动车，如果其被认定为机动车）是违法的。
- 无证驾驶者将面临罚款、拘留等行政处罚，具体处罚力度根据违法情节的严重程度而定。
闯红灯的法律后果：
- 闯红灯是违反交通信号灯指示的行为，同样属于违法行为。
- 闯红灯者将面临罚款、记分（如果持有驾驶证）等行政处罚。对于机动车驾驶人，闯红灯通常会被记6分。
关于扣车主驾驶证分的问题：
- 在无证驾驶的情况下，由于驾驶者没有驾驶证，因此不存在“扣分”的问题。
- 但是，如果车辆所有人（车主）明知驾驶者无证而仍然将车辆交由其驾驶，或者车辆所有人本身存在其他违法行为（如车辆未年检、未投保等），车辆所有人也可能面临相应的法律责任。
特殊情况说明：
- 如果三轮电动车被认定为非机动车，那么无证驾驶和闯红灯的处罚力度可能会相对较轻，但仍然属于违法行为。
- 在某些地区或特定情况下，对于无证驾驶和闯红灯等违法行为，可能会有更加严格的处罚措施或额外的教育要求。
法律建议：
- 作为车主，应确保将车辆交由持有有效驾驶证的人员驾驶，避免无证驾驶等违法行为的发生。
- 作为驾驶者，应严格遵守交通规则，不闯红灯、不无证驾驶，确保自己和他人的安全。
- 如果遇到交通违法行为或交通事故，应及时报警并配合相关部门的调查处理。
总结：无证驾驶有牌照的三轮电动车闯红灯是违法的，虽然不会直接扣车主的驾驶证分（因为无证驾驶者没有驾驶证），但会受到相应的行政处罚。作为车主和驾驶者，都应严格遵守交通规则，确保行车安全。如有任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。