针对您提出的“超过时效后对方又付款，该如何处理”的问题，以下是我的详细解答：
首先，我们需要明确的是，当诉讼时效已经逾期，而对方却主动进行了付款，这实际上表明了债务人对于原有债务的认可和愿意履行的态度。在这种情况下，债权人（也就是您）可以与债务人进行进一步的协商，以寻求一个双方都能接受的继续履行剩余债务的方案。
协商继续履行：
- 您可以与债务人沟通，了解其付款的意愿和能力，以及对于剩余债务的看法。
- 基于双方的协商，可以制定一个详细的还款计划，明确剩余债务的金额、还款期限、还款方式等。
考虑自愿偿还不足额款项：
- 如果债务人表示目前只能偿还部分款项，而您也愿意接受这一部分还款，那么可以与债务人达成协议，明确已偿还和未偿还的款项。
- 同时，可以约定在未来的某个时间点或条件下，债务人继续偿还剩余的款项。
发送催收到期款项的通知函：
- 如果经过协商仍然无法达到共识，或者您希望进一步确认债务人的还款意愿，可以考虑向债务人发送催收到期款项的通知函。
- 这份通知函应明确债务人的还款义务、已偿还和未偿还的款项、还款期限等，并要求债务人在通知函上签章或盖章以确认。
- 只要债务人在通知函上签章或盖章，就应被认定为对于原有债务的再次确认，这样的债权债务关系将再次受到法律的保护。
法律保护与抗辩：
- 根据《民法典》的相关规定，诉讼时效期间届满后，义务人（债务人）可以提出不履行义务的抗辩。但如果在时效期届满之后，债务人表达了愿意履行债务的意愿且没有以时效期届满作为抗辩理由，则其抗辩不应被支持。
- 此外，如果债务人已经自愿履行了部分或全部债务，那么其不得请求返还已履行的部分。
综上所述，当超过时效后对方又付款时，您应首先与债务人进行协商，寻求继续履行剩余债务的方案。如果协商无果或您希望进一步确认债务人的还款意愿，可以考虑发送催收到期款项的通知函。在整个过程中，应确保双方的权益得到充分保障，并遵循相关法律法规的规定。