针对您提出的“保密协议里有罚款能接受吗”这一问题，我们需要从多个角度进行深入分析。
首先，从法律层面来看，根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者承担违约金的情形仅限于违反服务期和竞业限制约定两种。这意味着，除非保密协议中明确包含了竞业限制条款，并且劳动者违反了该条款，否则用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担因违反保密义务而产生的违约金。因此，如果保密协议中单独设置了罚款条款，且该条款并非基于竞业限制约定，那么从法律角度讲，这样的罚款条款可能是无效的。
其次，我们需要考虑保密协议本身的法律效力。保密协议是双方自愿达成的法律文件，旨在保护商业秘密、技术秘密或其他敏感信息不被泄露。一旦签订，双方即受法律约束，必须履行保密义务。然而，这并不意味着保密协议中的所有条款都是合法且有效的。特别是当条款涉及罚款等可能对劳动者造成经济负担的内容时，更需要仔细审查其合法性和合理性。
再来看实际案例，如您所提到的王小明案例，法院最终判决认为，除劳动者违反服务期约定或违反竞业限制约定的外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。这一判决进一步印证了上述法律规定的适用性。
那么，面对保密协议中的罚款条款，您应该如何应对呢？
仔细审查协议内容：在签订保密协议前，务必仔细阅读协议中的所有条款，特别是涉及罚款、违约金等可能对个人造成经济负担的内容。
咨询专业法律意见：如果您对协议中的某些条款存在疑问或不确定其合法性，建议咨询专业的法律人士或律师，以获取准确的法律意见。
与用人单位协商：如果您认为协议中的罚款条款不合理或存在违法情况，可以尝试与用人单位进行协商，看是否能够修改或删除该条款。
谨慎签订协议：在充分了解协议内容并确认其合法性和合理性后，再决定是否签订保密协议。
综上所述，保密协议中的罚款条款在法律上可能存在无效的风险。因此，在面对此类条款时，您需要保持谨慎并采取相应的措施来保护自己的合法权益。