责令用人单位停业整顿的决定通常由具有行政处罚权的行政机关依法作出，具体决定部门取决于用人单位违法行为的性质和所属领域。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：

1. 劳动监督部门：

   • 当劳动监督部门发现企业存在违反劳动法规的行为时，如未按规定支付工资、未提供劳动保护等，可以依据《劳动监察规定》等相关法律法规，责令企业停业整顿。这是为了保障劳动者的合法权益，维护劳动市场的秩序。

2. 市场监督管理部门（含工商行政管理机关）：

   • 如果用人单位在市场交易、广告宣传、商品质量、消费者权益保护等方面存在严重违法行为，如销售假冒伪劣商品、虚假宣传等，市场监督管理部门有权责令其停业整顿，并可能吊销其营业执照。

3. 行业监管部门：

   • 对于特定行业，如金融、医疗、教育、餐饮服务、药品生产经营等，有专门的行业监管部门进行监督管理。当行业内企业或机构违反相关行业规定和法律法规时，行业监管部门也有权责令其停业整顿。

4. 安全生产监督管理部门：

   • 如果用人单位在生产经营过程中存在重大安全生产隐患，可能导致生产安全事故，安全生产监督管理部门有权责令其停产停业整顿，以消除安全隐患，保障生产安全。

5. 环境保护部门：

   • 当用人单位在生产经营过程中违反环境保护法律法规，造成严重环境污染或生态破坏时，环境保护部门有权责令其停产整治，甚至停业、关闭，以保护环境，维护生态平衡。

6. 建设行政主管部门或颁发资质证书的机关：

   • 在建筑领域，如果建筑企业存在违法行为或质量问题，如未取得施工许可擅自施工、工程质量不合格等，建设行政主管部门或颁发资质证书的机关也有权责令其停业整顿。

法律建议：

• 如果用人单位被责令停业整顿，应立即停止相关经营活动，积极进行整改，并在整顿结束后向相关行政机关申请复查，以确保符合法律法规要求，恢复正常营业。
• 同时，用人单位应加强内部管理，完善规章制度，确保合法合规经营，避免再次发生类似违法行为。

可能的法律后果：

• 如果用人单位拒不执行停业整顿的决定，可能会面临更严厉的行政处罚，如吊销许可证、罚款等，甚至可能触犯刑法，承担刑事责任。

总之，责令用人单位停业整顿的决定由具有行政处罚权的行政机关依法作出，具体决定部门取决于违法行为的性质和所属领域。用人单位应严格遵守法律法规，合法合规经营，避免发生类似违法行为。如有任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。