针对您提到的“烟在店里仓库被扣了1000多条”的情况，我理解您可能面临的是烟草专卖管理部门或其他相关执法部门的查处。以下是我对此情况的分析和建议：

1. 确认扣押主体和依据：

   • 首先，您需要确认是哪家执法部门扣押了您的烟草，以及他们扣押的法律依据是什么。这通常涉及到烟草专卖管理法规或相关行政法规。
   • 您可以要求执法部门出示扣押决定书和相关法律依据，以便了解扣押的具体原因和法律依据。

2. 核实扣押程序是否合法：

   • 执法部门在扣押您的烟草时，必须遵循法定程序，包括出示执法证件、告知扣押理由和依据、制作扣押清单等。
   • 如果您认为扣押程序存在违法或不当之处，可以依法提出异议，并要求执法部门进行解释或纠正。

3. 评估扣押物品的价值和损失：

   • 您需要评估被扣押的1000多条烟草的价值，以及因扣押而可能产生的其他损失（如仓储费、销售机会损失等）。
   • 这将有助于您在后续处理中了解自己的权益和可能的赔偿范围。

4. 采取应对措施：

   • 配合调查：在执法部门进行调查时，您应积极配合，提供必要的证据和资料，以便尽快查明事实真相。
   • 申请复议或诉讼：如果您认为扣押行为违法或不当，且执法部门未能在合理期限内给出满意答复，您可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。
   • 寻求法律帮助：在处理此类问题时，建议您寻求专业律师的法律帮助，以便更好地了解自己的权益和可能的法律途径。

5. 预防未来风险：

   • 此次事件后，您应加强对烟草销售和仓储的管理，确保符合相关法律法规的要求，避免类似事件再次发生。
   • 您可以考虑建立完善的内部管理制度和风险防范机制，以提高经营合规性和风险抵御能力。

如果您在处理此过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业、详细的法律建议。