泡水车扣除残值进行理赔是否合法，需结合具体情况分析，但一般情况下，在符合保险合同约定及法律规定的前提下，扣除残值进行理赔是合法的。以下从不同角度为你详细分析：

1. 从保险合同约定角度

在车辆保险合同中，通常会明确约定理赔的方式和标准，包括是否扣除残值以及如何扣除。如果保险合同中明确规定了泡水车理赔时需要扣除残值，并且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么保险公司按照合同约定扣除残值进行理赔就是合法的。

法律建议：车主在购买车辆保险时，应仔细阅读保险合同条款，特别是关于理赔的部分，了解保险公司对于泡水车等特定情况的理赔规定。如果对合同条款有疑问，应及时向保险公司咨询或寻求专业律师的帮助。

2. 从法律规定角度

根据《中华人民共和国保险法》等相关法律法规，保险公司在理赔时应遵循公平、合理、诚信的原则。如果泡水车在事故发生后仍具有一定的残值，且该残值可以通过合理的方式评估并扣除，那么扣除残值进行理赔并不违反法律规定。但需要注意的是，扣除的残值金额应合理，不得损害被保险人的合法权益。

法律建议：如果车主认为保险公司扣除的残值金额不合理，或者保险公司未按照合同约定和法律规定进行理赔，车主可以与保险公司协商解决。协商不成的，可以向当地保险监管部门投诉或寻求法律途径解决。

3. 从实际操作角度

在实际操作中，保险公司对于泡水车的理赔通常会进行专业的评估和定损。评估过程中，会考虑车辆的泡水程度、修复成本、残值价值等因素。如果评估结果显示车辆修复成本过高，或者修复后仍存在安全隐患，那么保险公司可能会选择按照全损进行理赔，并扣除相应的残值。

法律建议：车主在车辆发生泡水事故后，应及时向保险公司报案，并配合保险公司进行评估和定损工作。同时，车主应保留好相关证据，如事故现场照片、维修记录等，以便在理赔过程中维护自己的合法权益。

综上所述，泡水车扣除残值进行理赔是否合法，需结合保险合同约定、法律规定以及实际操作情况来综合判断。如果你有关于泡水车理赔或其他交通事故赔偿方面的法律问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议和帮助。