针对您提出的“脚手架上下贯通未采取水平防护怎么处罚”的问题，这实际上涉及到施工单位在建设工程施工过程中未对可能造成损害的区域采取专项防护措施的情况。根据《建设工程安全生产管理条例》的相关规定，对于此类行为，有明确的处罚措施。

首先，如果施工单位未对因建设工程施工可能造成损害的区域（包括脚手架上下贯通未采取水平防护的情况）采取专项防护措施，相关部门会责令其限期改正。这是对施工单位的一个初步警告和纠正机会。

若施工单位在规定的期限内未进行改正，那么将面临更为严厉的处罚。具体来说，相关部门会责令其停业整顿，并处以5万元以上10万元以下的罚款。这一处罚措施旨在确保施工单位能够重视并采取相应的防护措施，以保障施工过程中的安全。

此外，如果此类未采取防护措施的行为导致了重大安全事故，并且构成了犯罪，那么对直接责任人员，将依照刑法有关规定追究刑事责任。这是对严重违法行为的最严厉处罚，旨在维护社会的公共安全和秩序。

在实际操作中，处罚的力度还会根据违法行为的严重程度进行细分。例如，轻微违法行为可能面临较低的罚款额度，而严重违法行为则可能面临更高的罚款额度，甚至可能被责令停业整顿更长时间。

综上所述，对于脚手架上下贯通未采取水平防护的情况，施工单位将面临责令限期改正、停业整顿以及罚款等处罚措施。若导致重大安全事故并构成犯罪，还将追究直接责任人员的刑事责任。因此，施工单位应严格遵守相关安全规定，确保施工过程中的安全。