针对您提出的“租车基础保险撞了公司让我赔付五千是否合理”的问题，我们需要从几个方面来详细分析。
首先，要明确的是，在租车过程中发生交通事故，处理流程通常涉及交强险和商业险的赔付。交强险是强制性的，主要覆盖对第三方的人身伤亡和财产损失，但其赔付额度有限。当交强险不足以覆盖全部损失时，就需要用到商业险来补充赔付。
现在，您提到的情况是交强险赔不了，需要用到租的车的商业险，但租车公司却要求您赔付五千元。这里有几个关键点需要考虑：
商业险的保额与免赔额：
- 商业险的保额决定了保险公司最多能赔付多少金额。
- 免赔额则是您需要自行承担的部分，如果损失在免赔额范围内，保险公司将不予赔付。
租车公司的收费依据：
- 租车公司要求您赔付五千元，需要明确这五千元是基于什么计算得出的。是保险公司的免赔额、车辆折旧费、停运损失费，还是其他费用？
- 您提到看到租车公司购买的商业险保单才2000多元，这并不意味着所有损失都只能由这2000多元来覆盖。商业险的赔付还受到免赔额、事故责任划分、车辆损失程度等多种因素的影响。
合理性的判断：
- 如果五千元是保险公司的免赔额加上合理的车辆折旧费、停运损失费等，那么租车公司的要求可能是合理的。
- 但如果五千元明显高于实际损失或保险公司的赔付范围，且没有合理的解释，那么租车公司的要求就可能不合理。
为了更准确地判断租车公司的要求是否合理，建议您采取以下措施：
- 查看租车合同：仔细阅读租车合同中关于保险、事故处理、赔付责任等方面的条款，了解自己的权利和义务。
- 与租车公司沟通：要求租车公司提供详细的赔付计算依据和费用明细，了解五千元的具体构成。
- 咨询保险公司：如果可能的话，联系租车公司所投保的保险公司，了解事故的赔付情况和免赔额等信息。
- 寻求法律帮助：如果与租车公司无法达成一致，且认为租车公司的要求不合理，可以寻求法律帮助或咨询专业律师。
综上所述，租车公司要求您赔付五千元是否合理，需要根据具体情况来判断。建议您采取上述措施，以更准确地了解自己的权益和责任，并做出合理的决策。