结论：

1. 能否以五万元结清欠款需视具体情况而定：您欠农村信用社的欠款三万元已经十六年，现在想一次性还五万元以结清证明，这并非一个简单的数学计算问题。能否以五万元结清欠款，主要取决于您与农村信用社之间的借款合同条款、逾期利息的计算方式、以及是否存在其他费用（如罚息、违约金等）。此外，还需考虑农村信用社是否同意接受五万元作为结清金额。

分析：

• 借款合同条款：首先，您需要查阅与农村信用社签订的借款合同，了解其中关于逾期还款、利息计算、罚息、违约金等条款的具体规定。这些条款将直接影响您需要偿还的金额。

• 逾期利息与费用：根据合同条款，逾期还款可能会产生额外的利息和费用。这些费用可能包括罚息、违约金等，具体金额需根据合同计算。因此，即使您愿意一次性偿还五万元，也可能不足以覆盖所有应付款项。

• 农村信用社的态度：最终能否以五万元结清欠款，还需取决于农村信用社的态度。他们可能会根据您的还款历史、信用状况以及合同条款等因素，决定是否接受五万元作为结清金额。

建议：

• 与农村信用社沟通：建议您直接与农村信用社联系，说明您的还款意愿和具体情况，询问他们是否接受五万元作为结清金额。在沟通过程中，您可以提供相关的财务证明和还款计划，以增加他们的信任度。

• 查阅合同与计算应付款项：在沟通之前，建议您仔细查阅借款合同，了解所有应付款项的具体金额和计算方式。这样，在与农村信用社沟通时，您可以更加准确地表达自己的还款意愿和能力。

• 考虑法律途径：如果与农村信用社的沟通未能达成一致，您可以考虑咨询专业律师，了解通过法律途径解决此问题的可能性和风险。但请注意，法律途径可能涉及较高的时间和金钱成本，且结果不确定。

综上所述，能否以五万元结清欠款需视具体情况而定。建议您直接与农村信用社沟通，并查阅相关合同条款以了解应付款项的具体金额和计算方式。如有需要，可随时向我咨询相关法律问题。