实习证明和三方协议并不必须是同一个公司。以下是对这一问题的详细分析：

1. 实习证明的性质与目的：

   • 实习证明是学生在实习期间，由实习单位出具的证明学生实习经历、实习岗位、实习时间等信息的文件。它主要用于证明学生的实习经历，对于学生未来的求职或学业发展有一定的辅助作用。

2. 三方协议的性质与目的：

   • 三方协议，即《全国普通高等学校毕业生就业协议书》，是毕业生、用人单位和学校三方之间就毕业生就业事宜达成的书面协议。它明确了毕业生、用人单位和学校在毕业生就业过程中的权利和义务，是毕业生就业的重要法律文件。

3. 实习证明与三方协议的关系：

   • 实习证明和三方协议在性质、目的和作用上都有所不同。实习证明主要关注学生的实习经历，而三方协议则主要关注毕业生的就业事宜。因此，两者并不必须是同一个公司出具的。
   • 在实际操作中，学生可能先在某个公司进行实习，并获得该公司的实习证明。之后，学生可能选择与另一家公司签订三方协议，进行正式的就业。这种情况下，实习证明和三方协议就不是由同一个公司出具的。

4. 法律建议：

   • 对于学生来说，实习证明和三方协议都是重要的文件，但它们并不相互依赖或必须由同一个公司出具。学生应根据自己的实际情况和需求，合理选择实习单位和就业单位，并妥善保管好相关文件。
   • 如果在实习或就业过程中遇到任何法律问题，如实习单位不给出具实习证明、用人单位违反三方协议等，学生应及时向专业律师咨询，以维护自己的合法权益。

综上所述，实习证明和三方协议并不必须是同一个公司出具的。学生应根据自己的实际情况和需求，合理选择并妥善保管好相关文件。如有任何法律问题，欢迎直接向我咨询。