儿子跟他父亲做亲子鉴定和儿子跟他爷爷做亲子鉴定，这两者之间确实存在明显的区别，主要体现在以下几个方面：
鉴定目的与意义：
- 儿子与父亲做亲子鉴定：这种鉴定主要是为了确认儿子与父亲之间的生物学亲子关系，通常用于解决亲子关系纠纷、继承权确认、户口登记等法律问题。如果鉴定结果显示为亲子关系，那么儿子在法律上将享有作为父亲子女的各项权利，如继承权、抚养权等。
- 儿子与爷爷做亲子鉴定：这种鉴定虽然也能在一定程度上反映家族血缘关系，但在法律上的直接意义相对较小。它更多可能是用于家族内部确认血缘关系、了解家族遗传史等非法律目的。在法律上，爷爷与孙子之间的权利义务关系并不直接依赖于亲子鉴定结果，而是由法律明确规定的。
法律后果与应用：
- 儿子与父亲做亲子鉴定：如果鉴定结果为非亲子关系，那么父亲可能无需承担对儿子的抚养义务，同时儿子也可能无法继承父亲的遗产（除非有遗嘱或其他特殊情况）。这种鉴定结果在法律上具有明确的效力，可以作为解决相关法律纠纷的依据。
- 儿子与爷爷做亲子鉴定：即使鉴定结果显示为有血缘关系，这并不直接改变爷爷与孙子之间的法律权利义务关系。爷爷对孙子的抚养义务（如果有的话）通常基于法律规定或家庭内部的约定，而不是基于亲子鉴定结果。同样，孙子对爷爷的继承权也主要取决于法律规定和遗嘱内容，而非亲子鉴定结果。
鉴定流程与难度：
- 从技术层面来看，儿子与父亲做亲子鉴定和儿子与爷爷做亲子鉴定的流程可能相似，都需要采集双方的生物样本（如血液、口腔拭子等）进行DNA比对。然而，在实际操作中，由于爷爷与孙子之间的血缘关系相对较远，鉴定难度可能会稍大一些，且鉴定结果的准确性也可能受到一定影响。
综上所述，儿子跟他父亲做亲子鉴定和儿子跟他爷爷做亲子鉴定在鉴定目的与意义、法律后果与应用以及鉴定流程与难度等方面都存在明显的区别。如果你有关于亲子鉴定或婚姻家庭方面的法律问题，可以直接向我咨询，我将为你提供专业的法律解答和建议。