工程款确实可以用支付令申请书来申请。以下从法律依据、申请条件、具体流程以及注意事项几个方面，为您详细阐述：
法律依据
根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，债权人请求债务人给付金钱、有价证券，且满足以下两个条件的，可以向有管辖权的基层人民法院申请支付令：一是债权人与债务人没有其他债务纠纷；二是支付令能够送达债务人。在建设工程领域，如果发包人拖欠承包人工程款，且双方不存在其他债务纠纷，承包人就可以依据这一法律规定，向法院申请支付令，要求发包人支付拖欠的工程款。
申请条件
债权债务关系明确：申请人（通常是承包人或实际施工人）与被申请人（发包人）之间必须存在明确的债权债务关系，即被申请人确实拖欠了申请人的工程款，且工程款的数额、支付方式等关键内容清晰无争议。
没有其他债务纠纷：申请人与被申请人之间除了本次申请的工程款债务外，不存在其他相互拖欠或争议的债务。如果存在其他债务纠纷，可能会影响支付令的申请和执行。
支付令能够送达债务人：法院需要能够将支付令有效地送达给被申请人。一般来说，被申请人需要有明确的住所或经营场所，以便法院能够通过法定方式将支付令送达。
具体流程
准备申请材料：包括支付令申请书，需详细写明申请人和被申请人的基本信息、请求给付工程款的金额及事实依据；双方的合同文件、工程结算单、竣工验收报告等证据材料，用于证明债权债务关系的存在和具体金额；以及申请人的身份证明等材料。
向法院提交申请：申请人应向有管辖权的基层人民法院提交申请材料。通常情况下，是由债务人住所地或经常居住地的基层人民法院管辖。
法院审查受理：法院会对申请材料进行审查，主要审查是否符合支付令的申请条件。如果符合条件，法院会予以受理；如果不符合条件，法院会裁定驳回申请。
发出支付令：经审查受理后，法院会在五日内通知债权人是否受理。法院决定受理的，应当在受理之日起十五日内向债务人发出支付令。支付令应载明申请人和被申请人的姓名或名称等基本情况、请求给付的工程款金额、债务履行期限以及债务人提出书面异议的权利等内容。
债务人履行或异议：债务人应当自收到支付令之日起十五日内清偿债务，或者向人民法院提出书面异议。如果债务人在规定的期限内既不履行支付义务，又不提出书面异议，则支付令发生法律效力，申请人可以据此向法院申请强制执行。
注意事项
及时申请执行：如果债务人在规定期限内未提出异议又不履行支付令，申请人应在支付令生效后的法定期限内（一般为两年）向法院申请强制执行，以维护自己的合法权益。
应对债务人异议：如果债务人对支付令提出书面异议，法院会裁定终结督促程序，支付令自行失效。此时，申请人可以选择通过诉讼等方式解决纠纷。需要注意的是，债务人对债务的本身没有异议，只是提出缺乏清偿能力、延缓债务清偿期限、变更债务清偿方式等异议的，不影响支付令的效力。
综上所述，工程款确实可以用支付令申请书来申请，但需要满足一定的条件，并遵循相应的流程。希望这些信息能对您有所帮助。