针对您提出的“旷工离职，公司怎么管理”的问题，以下是一个清晰、详细且有深度的解答：
首先，我们需要明确旷工的定义。旷工一般是指职工应当提供劳动但无正当理由未提供劳动的缺勤行为。在处理旷工离职的问题时，公司应当遵循相关法律法规，并确保管理措施的合法性和合理性。
一、旷工的认定与处理
旷工的认定：
- 公司应当建立完善的考勤制度，明确旷工的定义和认定标准。
- 考勤记录应当真实、准确，并经过劳动者确认。仅凭考勤记录不足以完全认定旷工，公司还需要通过上班催告、旷工确认等措施，核实劳动者旷工的事实以及违反规章制度的严重程度。
旷工的处理：
- 对于轻微旷工行为，公司可以根据依法制定的规章制度予以惩戒，如警告、罚款等。
- 若劳动者存在严重违反规章制度的行为（如旷工连续三天或全年累计五天），公司可以依照法律规定解除劳动合同，并无需支付经济补偿金。但在此之前，公司必须确保有充分的事实依据，并尽到通知义务。
二、旷工离职后的管理
离职证明：
- 无论劳动者是因何种原因离职（包括旷工离职），公司都应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明。这是公司的法定义务，也是劳动者后续求职或办理相关手续的重要依据。
工资与补偿：
- 旷工当天，公司可以不支付工资，但除了给公司造成了经济损失外，不得额外扣工资。旷工一天扣三天工资的做法是不合法的。
- 若劳动者因旷工被辞退，且达到严重违反公司规章制度的程度，公司无需支付经济补偿金。但若劳动者旷工造成公司损失，应当承担赔偿责任。
档案与社会保险关系转移：
- 公司应当在解除或者终止劳动合同时，为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。这是保障劳动者权益的重要措施。
三、预防与建议
加强规章制度建设：
- 公司应当建立完善的规章制度，明确旷工的定义、认定标准、处理措施以及离职后的相关手续等。
- 规章制度应当经过民主程序制定，并向劳动者公示或告知。
加强沟通与教育：
- 公司应当加强与劳动者的沟通，及时了解劳动者的需求和困难，帮助劳动者解决问题。
- 同时，公司应当加强对劳动者的教育，提高劳动者的法律意识和纪律意识。
完善考勤与记录：
- 公司应当建立完善的考勤制度，确保考勤记录的真实、准确和完整。
- 对于旷工等违纪行为，公司应当及时记录并处理，避免问题积累或扩大化。
综上所述，公司在处理旷工离职的问题时，应当遵循相关法律法规，确保管理措施的合法性和合理性。同时，公司还应当加强规章制度建设、沟通与教育以及考勤与记录等方面的工作，以预防类似问题的发生。