针对您提出的“销售假种子被刑事立案后，民事赔偿案件如何处理”的问题，以下是我为您提供的清晰、详细、有深度的解答：

在销售假种子被刑事立案后，民事赔偿案件的处理是一个涉及法律程序和权益保障的重要环节。以下是从责任主体确定、赔偿金额计算、协商与调解、以及法律诉讼等多个方面的详细解答：

一、责任主体确定

在假种子案件中，首先需要明确赔偿的责任主体。一般来说，生产、销售假种子的经营者应承担主要赔偿责任。若存在多个责任主体，如种子生产者与销售者共同侵权，他们应承担连带责任。这意味着受害者可以向任何一个或多个责任主体提出赔偿要求。

二、赔偿金额计算

赔偿金额的计算是民事赔偿案件中的核心问题。根据法律规定，赔偿金额应根据受害者因假种子遭受的实际损失来计算，包括但不限于：

1. 农作物减产损失：这是由于假种子导致的直接经济损失，通常需要通过专业鉴定来评估。
2. 购买种子的费用：受害者因购买假种子而支出的费用应得到全额赔偿。
3. 因处理假种子而产生的合理费用：如重新购买种子、补种、施肥等额外费用。
4. 预期利益损失：如后续种植收益等，这部分损失虽然难以精确计算，但法院在判决时会根据实际情况进行合理估算。

三、协商与调解

在确定责任主体和赔偿金额后，受害者可以通过与责任主体协商解决赔偿事宜。协商过程中，双方可以就赔偿金额、支付方式等细节进行谈判，以达成和解协议。若协商不成，受害者可以向相关农业主管部门投诉，由其进行调解。调解是一种更为灵活和快速的解决方式，有助于双方尽快达成一致。

四、法律诉讼

若协商或调解均无法达成一致，受害者可向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自身合法权益。在诉讼过程中，受害者需要提供充分的证据来证明自己的损失和责任主体的过错。法院将根据事实和法律规定进行判决，要求责任主体承担相应的赔偿责任。

五、注意事项

1. 保存证据：受害者在发现假种子问题后，应及时保存与交易相关的票据、凭证、种子样品等证据，以便在后续的协商、调解或诉讼中使用。
2. 专业鉴定：对于农作物减产损失等难以直接计算的损失，受害者应尽快向公证部门或当地农业农村、林业草原主管部门申请专业鉴定，以固定证据和评估损失。
3. 法律咨询：在处理民事赔偿案件时，受害者可以寻求专业律师的帮助，了解自己的权益和可能的赔偿金额，以及诉讼过程中的注意事项和策略。

综上所述，销售假种子被刑事立案后，民事赔偿案件的处理需要受害者明确责任主体、计算赔偿金额、通过协商与调解或法律诉讼来维护自己的合法权益。在整个过程中，保存证据、专业鉴定和法律咨询都是至关重要的环节。