结论：同一个辖区注册的公司，在同一辖区开设两个门店，这一行为本身是合法的。
分析：
- 公司注册与门店开设的独立性：公司注册是一个法律行为，它确立了公司的法律地位和经营范围。而门店的开设，则是公司运营活动的一部分，属于公司业务的具体实施。两者在法律上是相对独立的。只要公司注册合法，且其经营范围允许开设门店，那么在同一辖区内开设多个门店就是合法的。
- 辖区限制与门店数量：法律并没有规定公司在同一辖区内只能开设一个门店。公司可以根据其业务需要和市场情况，在同一辖区内开设多个门店，以扩大其市场覆盖和影响力。
- 合规性要求：虽然开设多个门店本身是合法的，但公司必须确保每个门店的运营都符合相关法律法规的要求，包括但不限于消防安全、卫生标准、税务申报等。此外，公司还需要注意避免不正当竞争行为，如价格垄断、虚假宣传等。
建议：
- 核实公司经营范围：在开设门店前，公司应核实其营业执照上注明的经营范围是否包含门店运营的相关内容。如果经营范围不明确或需要调整，公司应及时向工商行政管理部门申请变更。
- 遵守相关法律法规：公司应确保每个门店的运营都严格遵守相关法律法规的要求，包括但不限于消防安全、卫生标准、税务申报等。同时，公司还应加强内部管理，确保员工遵守法律法规和公司规章制度。
- 关注市场竞争情况：在开设门店时，公司应关注市场竞争情况，避免不正当竞争行为。公司可以通过市场调研、竞争分析等方式，了解竞争对手的情况和市场趋势，以制定合理的经营策略。
可能的法律后果：
- 如果公司未经合法注册或超出经营范围开设门店，可能会面临工商行政管理部门的处罚，包括但不限于罚款、吊销营业执照等。
- 如果公司门店的运营不符合相关法律法规的要求，可能会面临相关部门的处罚，如消防安全部门的罚款、卫生部门的整改要求等。
- 如果公司存在不正当竞争行为，可能会面临竞争对手的起诉或相关部门的处罚，如反垄断部门的调查、罚款等。
综上所述，同一个辖区注册的公司，在同一辖区开设两个门店是合法的，但公司必须确保其运营活动符合相关法律法规的要求，并关注市场竞争情况。如有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。