针对员工恶意抹黑公司的情况，公司可以采取以下措施来收集资料，以维护自身的合法权益：
明确抹黑内容与初步应对
- 公司应首先全面了解员工抹黑的具体内容，包括抹黑的时间、地点、涉及人员、事件经过及具体的指控等。这有助于公司精准定位问题，并确定后续需要收集的证据类型及方向。
- 基于了解到的抹黑内容，公司应立即启动内部调查程序，与涉事员工及相关证人进行面谈，同时查阅公司相关文件、记录等，以获取初步的线索和证据材料。
全面收集证据
直接证据的收集：
- 书面材料：包括员工发布的抹黑信件、电子邮件、书面报告等，特别是公司内部邮件系统中的记录。
- 聊天记录：无论是工作沟通软件（如企业微信、钉钉）还是私人社交软件（如微信、QQ），在合法前提下，对相关聊天记录进行截图或导出保存，并确保包含完整的上下文信息和时间戳。
- 录音、视频资料：如有直接反映员工恶意抹黑行为的录音或视频，应妥善保存。
间接证据的收集：
- 工作表现与矛盾记录：考勤记录、绩效评估报告、内部矛盾调解记录等，可证明员工可能存在的不满情绪或报复动机。
- 过往类似行为证据：查询公司档案，了解员工是否有过类似的恶意抹黑或造谣行为；向同事调查，获取关于员工日常表现和口碑的证人证言。
公司合规运营证据：
- 管理制度与流程文件：收集公司的各项规章制度、业务流程文档，证明公司在日常运营中依法依规。
- 相关证照与资质文件：营业执照、行业许可证、认证和荣誉证书等，证明公司具备合法的经营资格和良好的信誉。
确保证据的合法性与有效性
- 在收集证据的过程中，公司必须严格遵守法律法规，不得侵犯员工的隐私权或其他合法权益。任何非法手段获取的证据都将被视为无效。
- 对于所有收集到的证据，应尽可能保留其原件或原始格式，以确保其真实性和完整性。
- 在收集和处理证据时，建议咨询专业的律师或法律顾问，以确保所采取的措施符合法律法规要求，并确保证据的法律效力。
后续行动建议
- 在收集到足够的证据后，公司可以根据实际情况选择与员工进行沟通协商，要求其停止抹黑行为并公开道歉；或者向相关部门（如劳动监察部门、公安机关等）进行举报，要求其依法处理。
- 如果员工的抹黑行为给公司造成了经济损失或名誉损害，公司还可以考虑通过法律途径追究其民事责任或刑事责任。
综上所述，面对员工恶意抹黑公司的情况，公司应通过明确抹黑内容、启动内部调查、全面收集直接和间接证据以及确保证据的合法性与有效性等措施来有效应对。在整个过程中，务必保持冷静和理性，遵循合法合规的原则，以确保公司的权益得到最大程度的保护。如有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。