公司存在合作关系并不必然等同于认定存在劳动关系，是否构成劳动关系需根据用工事实综合判断。以下从不同角度为你详细分析：

1. 劳动关系认定的核心标准

根据《劳动和社会保障部关于确立劳动关系有关事项的通知》（劳社部发〔2005〕12号）第一条规定，用人单位招用劳动者未订立书面劳动合同，但同时具备下列情形的，劳动关系成立：

• 主体资格：用人单位和劳动者符合法律、法规规定的主体资格；
• 劳动管理：用人单位依法制定的各项劳动规章制度适用于劳动者，劳动者受用人单位的劳动管理，从事用人单位安排的有报酬的劳动；
• 业务组成部分：劳动者提供的劳动是用人单位业务的组成部分。

劳动关系的本质特征是支配性劳动管理，即劳动者对工作时间、工作量、工作过程等缺乏自主决定权，需接受用人单位的劳动管理。

2. 合作协议与劳动关系的区分

实践中，企业常通过签订承揽、合作协议等方式规避劳动关系，但人民法院在认定时需穿透协议表面形式，审查实际用工事实。具体考量因素包括：

• 劳动者对工作时间及工作量的自主决定程度；
• 劳动过程受管理控制程度（如是否需遵守工作规则、算法规则、劳动纪律和奖惩办法）；
• 劳动者工作的持续性；
• 劳动者能否决定或改变交易价格；
• 报酬支付方式（如是否包含基本报酬、按单计酬、奖励等）。

3. 典型案例分析

• 指导性案例237号：郎溪某服务外包有限公司与徐某申签订《自由职业者合作协议》《新业态自由职业者任务承揽协议》，但徐某申实际接受站点管理，按排班表打卡上班，报酬包含基本报酬、按单计酬及奖励等项目。法院认定双方存在劳动关系，因其用工事实符合支配性劳动管理的本质特征。
• 指导性案例238号：江苏某网络科技有限公司要求圣某欢注册为个体工商户后再签订承揽协议，但圣某欢实际受站点管理，需遵守排班及考勤要求，薪资包括订单提成及补贴。法院认定双方存在劳动关系，因其用工事实构成支配性劳动管理。

4. 法律建议

• 劳动者角度：若你与公司签订合作协议但实际接受公司管理，建议保留以下证据以证明劳动关系：
  • 考勤记录、排班表；
  • 工资支付记录（如银行流水）；
  • 工作任务分配记录（如系统派单记录）；
  • 公司规章制度或奖惩办法的适用证明。
• 企业角度：若你希望避免与劳动者建立劳动关系，需确保：
  • 劳动者对工作时间、工作量、工作过程等具有高度自主决定权；
  • 报酬支付方式与劳动成果直接挂钩（如完全按单计酬，无基本报酬）；
  • 劳动者无需遵守公司规章制度或劳动纪律。

5. 可能的法律后果

• 若认定存在劳动关系：劳动者依法享有取得劳动报酬、享受社会保险和福利、获得经济补偿和赔偿金等一系列权利，同时也需承担接受用人单位管理等义务。
• 若认定不存在劳动关系：劳动者可能无法享受劳动法下的保护，需通过民事合同纠纷途径解决争议。

总结：公司存在合作关系并不必然等同于认定存在劳动关系，是否构成劳动关系需根据用工事实综合判断。若你面临类似问题，建议向我咨询，我将根据你的具体情况提供专业法律建议。