针对您提出的“民事调解书申请再审的期限超过六个月怎么办”这一问题，我理解您可能正面临一个法律程序上的困境。下面，我将为您详细、清晰地解答这一问题。
首先，根据《民事诉讼法》的规定，当事人对于已经生效的判决、裁定或调解书，如果认为存在错误，通常需要在判决、裁定或调解书发生法律效力后六个月内提出再审申请。这个六个月的期限是一个除斥期间，意味着它不适用诉讼时效中止、中断、延长的规定，是一个固定的、不可变动的期限。
然而，法律也规定了一些特殊情况，在这些情况下，当事人可以在知道或者应当知道这些特殊情况之日起六个月内提出再审申请，而不受原判决、裁定或调解书发生法律效力后六个月的时限限制。这些特殊情况包括：
如果您的情况并不属于上述特殊情况，但确实已经超过了六个月的再审申请期限，那么您还可以考虑以下途径：
向法院申诉：您可以向法院提出申诉，要求法院依职权启动再审。法院依职权再审没有时限限制，但法院是否会受理您的申诉，将取决于案件的具体情况和法院的裁量。
向人民检察院申请检察建议或抗诉：根据法律规定，在法院驳回再审申请、法院逾期未对再审申请作出裁定、再审判决裁定有明显错误等情形下，您可以向检察院申请。检察院经审查，认为符合条件的，会提出检察建议或抗诉。这同样需要您的案件符合一定的法定情形，如存在新证据足以推翻原判决、裁定，或原判决、裁定认定事实的主要证据是伪造等。
尝试与对方当事人达成和解：虽然这并不是一个法律程序上的救济途径，但通过协商，就争议事项重新达成一致，可以解决纠纷，避免继续耗费时间和精力在诉讼程序中。
最后，我想强调的是，再审程序的启动并不意味着原判决、裁定会被自动推翻。法院将对案件进行重新审理，以确定原判决、裁定是否存在错误。再审程序的启动，旨在纠正可能存在的司法错误，保障当事人的合法权益，维护司法公正。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律建议，请随时咨询。