针对您提出的“没有巡游出租车运输证是罚自然人还是罚公司”的问题，结论前置：这主要取决于违法行为的实施主体以及相关法律法规的具体规定。以下是从不同角度的分析：
违法行为实施主体为自然人：
- 如果巡游出租车是由自然人（如个体司机）直接运营，且该自然人未取得巡游出租车运输证，那么根据相关法律法规，处罚的对象通常是该自然人。因为自然人是违法行为的直接实施者，应当承担相应的法律责任。
违法行为实施主体为公司：
- 如果巡游出租车是由公司运营，且公司未为其运营的出租车办理巡游出租车运输证，那么处罚的对象通常是公司。公司作为运营主体，有责任确保其运营的车辆符合相关法律法规的要求，包括取得必要的运营证件。
特殊情况下的责任划分：
- 在某些情况下，如果自然人是以公司的名义进行运营，但公司并未给予其合法的运营授权或未为其办理相关证件，那么责任划分可能会更加复杂。此时，需要综合考虑自然人与公司之间的法律关系、公司的管理责任以及自然人的实际行为等因素来确定责任主体。
法律依据：
- 根据《巡游出租汽车经营服务管理规定》等相关法律法规，未取得巡游出租车运输证而擅自从事巡游出租汽车经营活动的，由县级以上地方人民政府出租汽车行政主管部门责令改正，并处以罚款。具体罚款金额和处罚措施可能因地区和违法情节的不同而有所差异。
法律建议：
- 对于自然人而言，如果打算从事巡游出租车运营，应当确保自己已取得相应的运营证件，并遵守相关法律法规的规定。
- 对于公司而言，应当加强对其运营车辆的管理，确保所有车辆都已取得合法的运营证件，并定期对车辆进行检查和维护，以确保运营安全。
可能的法律后果：
- 如果未取得巡游出租车运输证而擅自从事巡游出租汽车经营活动，可能会面临罚款、车辆被扣押等法律后果。具体后果取决于违法情节的严重程度以及相关法律法规的规定。
综上所述，没有巡游出租车运输证是罚自然人还是罚公司，主要取决于违法行为的实施主体以及相关法律法规的具体规定。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。