施工方建渣清运费用是否可以单独向甲方申请，需根据合同约定及实际情况综合判断，以下从不同角度进行分析：

1. 合同有明确约定时：

   • 若合同中明确约定建渣清运费用包含在总价款中：则施工方通常不能单独向甲方申请建渣清运费用。因为合同是双方意思表示一致的产物，具有法律约束力，施工方应按照合同约定履行义务，不得擅自增加费用。
   • 若合同中明确约定建渣清运费用可单独申请或另行结算：则施工方可以按照合同约定，单独向甲方申请建渣清运费用。这种情况下，合同已经为双方设定了明确的权利义务关系，施工方有权依据合同主张权利。

2. 合同无明确约定或约定不明时：

   • 根据行业惯例或交易习惯判断：在某些建设工程领域，建渣清运可能被视为施工过程中的一项常规工作，其费用通常包含在总价款中。但也有一些特殊情况，如建渣量特别大、清运难度特别高等，此时施工方可以与甲方协商，单独申请建渣清运费用。若双方能够达成一致，则可以通过补充协议等方式明确费用承担方式。
   • 根据实际履行情况及公平原则判断：如果施工方在施工过程中确实产生了额外的建渣清运费用，且这些费用是由于甲方原因（如设计变更、材料供应不及时等）导致的，那么施工方可以依据公平原则，向甲方提出单独申请建渣清运费用的要求。但这种情况下，施工方需要提供充分的证据证明费用产生的合理性及与甲方原因的关联性。

3. 法律建议：

   • 施工方在签订合同时应明确费用条款：为了避免后续纠纷，施工方在签订合同时应尽可能明确各项费用的承担方式，包括建渣清运费用。这样可以在合同履行过程中减少争议，保障双方的合法权益。
   • 施工方在产生额外费用时应及时与甲方沟通：如果施工过程中确实产生了额外的建渣清运费用，施工方应及时与甲方沟通，说明费用产生的原因及金额，并寻求甲方的理解和支持。通过协商达成一致，可以避免不必要的法律纠纷。
   • 若双方无法协商一致，可寻求法律途径解决：如果施工方与甲方在建渣清运费用问题上无法达成一致，且合同中没有明确约定或约定不明，那么施工方可以考虑通过法律途径解决纠纷。但在此之前，施工方应确保自己有充分的证据支持自己的主张。

综上所述，施工方建渣清运费用是否可以单独向甲方申请，需根据合同约定及实际情况综合判断。在处理此类问题时，建议施工方保持谨慎态度，及时与甲方沟通协商，并寻求专业法律意见以确保自身权益得到保障。如有任何法律问题，可以直接向我咨询。