一般纳税人公司控股小规模公司时，承担的责任主要基于公司法的基本原则以及控股关系所带来的特定义务。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
有限责任原则：
- 根据公司法，股东（包括控股股东）以其认缴的出资额为限对公司承担责任。这意味着，一般纳税人公司作为控股股东，对小规模公司的债务原则上仅承担其出资范围内的责任，不会波及一般纳税人公司的其他资产。但这一原则的前提是合法合规的经营，若存在违法行为，则可能突破有限责任的限制。
控股股东的特定义务：
- 作为控股股东，一般纳税人公司对小规模公司负有特定的义务，包括但不限于：遵守公司章程、维护公司利益、不得滥用股东权利损害公司或其他股东的利益、不得利用关联关系损害公司利益等。若违反这些义务，可能需要承担相应的法律责任。
关联交易与风险隔离：
- 在控股关系下，关联交易是一个需要特别关注的问题。若一般纳税人公司与小规模公司之间存在不公允的关联交易，可能被税务机关认定为避税行为，要求补缴税款并加收滞纳金，甚至面临罚款。此外，若关联交易导致公司人格混同，法院可能会否定公司的独立人格，要求股东对公司债务承担连带责任。因此，在进行关联交易时，必须确保交易的公平性和合法性。
经营管理责任：
- 一般纳税人公司作为控股股东，对小规模公司的经营管理负有间接责任。若因控股股东的决策或管理不当导致小规模公司经营不善或产生损失，控股股东可能需要承担相应的管理责任或赔偿责任。这要求控股股东在行使股东权利时，必须谨慎行事，充分考虑小规模公司的利益和发展。
法律合规风险：
- 在控股过程中，必须严格遵守相关法律法规，不得进行任何形式的偷税、漏税或其他违法行为。一旦被发现存在违法行为，将面临严重的法律后果，包括罚款、监禁等。因此，一般纳税人公司在控股小规模公司时，必须加强法律合规意识，确保所有经营活动都在法律框架内进行。
综上所述，一般纳税人公司控股小规模公司时，承担的责任主要包括有限责任原则下的出资责任、控股股东的特定义务、关联交易与风险隔离的责任、经营管理责任以及法律合规风险。为了确保合法合规经营并降低潜在风险，一般纳税人公司在控股小规模公司时应加强内部管理和风险控制，并寻求专业法律支持。如有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。