在协议中，甲方应该写公司的名字，而不是法人代表的名字。以下是对此结论的详细解释：

1. 公司作为合同主体的合法性：

   • 公司是依法设立的法人组织，具备独立的民事权利能力和民事行为能力。
   • 公司可以独立享有民事权利和承担民事义务，因此完全具备签订合同的主体资格。

2. 合同双方的代称与性质：

   • 在合同中，甲方和乙方仅为合同双方的代称，用于区分不同的参与方。
   • 甲方既可以是自然人，也可以是法人或其他组织，如公司、企业等。
   • 因此，甲方写公司的名字是符合合同法的规定的。

3. 公司信息的明确性：

   • 当甲方为公司时，应在合同中明确写出公司的全称，以及可能的公司注册地址、法定代表人姓名、联系方式等相关信息。
   • 这些信息有助于确定合同的责任归属，并在发生纠纷时提供明确的法律依据。

4. 法人代表与公司的关系：

   • 法人代表是公司的法定代表人，负责代表公司从事民事活动。
   • 但法人代表的名字并不等同于公司的名字，二者在合同中具有不同的法律地位。
   • 因此，在协议中应写公司的名字，而不是法人代表的名字。

5. 实际操作的建议：

   • 在签订协议时，务必确保合同双方的主体资格合法，且合同内容真实、合法、有效。
   • 如果对合同签订或履行过程中有任何疑问，可以直接向我咨询，我会提供专业的法律帮助。

综上所述，协议中的甲方应该写公司的名字，以确保合同的合法性和有效性。如果还有其他关于公司法务或合同签订的问题，欢迎随时向我咨询。