小区供电系统验收主要涉及多个部门和环节，具体根据相关的法律法规和政策文件执行。

首先，在工程建设许可阶段，各级自然资源主管部门在审查建设项目工程设计方案时，会通过工程审批管理系统征求供电企业意见。这意味着自然资源主管部门在这一阶段起到关键的指导和监督作用。

其次，在工程施工图设计、审查阶段以及施工阶段，住房城乡建设部门扮演着重要角色。他们负责加强对施工图设计文件审查机构审查质量的监管，并确保新建居民住宅小区供配电设施按图施工及施工过程质量监督。

最后，在工程竣工验收阶段，虽然通知中提到建设单位可以邀请供电企业以第三方专家身份参加项目现场勘验，并提出相关的专业建议，但并未明确指出具体的验收部门。然而，结合电能质量管理及监督的相关规定，地方各级电力管理部门负责本行政区域内电能质量信息的管理工作，并可能对供电系统的验收工作有一定的参与或监督职责。

综上所述，小区供电系统的验收工作并非由单一部门负责，而是涉及自然资源主管部门、住房城乡建设部门以及地方各级电力管理部门等多个部门。在实际操作中，建议咨询当地相关部门或供电企业，以获取最准确和具体的验收流程和责任部门信息。