针对债权人逾期申报债权但拒绝缴纳补充申报费用的情况，管理人可以采取以下步骤进行处理：

首先，管理人需要明确债权人的逾期申报行为以及拒绝缴纳补充申报费用的后果。根据《破产法》的相关规定，债权人应当在人民法院确定的债权申报期限内向管理人申报债权。对于未在申报期内申报债权的，可以进行补充申报，但需要对已分配的财产不得补充分配，并且需要承担补充审查债权的费用。这一规定旨在敦促债权人及时申报债权，并承担因逾期申报而产生的额外费用。

接下来，管理人应当与债权人进行沟通，解释相关法律规定以及拒绝缴纳补充申报费用的后果。管理人可以向债权人提供详细的费用计算方式和缴费流程，并强调缴费的必要性和合法性。通过沟通，管理人可以尝试说服债权人主动缴纳费用，以避免不必要的法律纠纷。

如果债权人仍然拒绝缴纳补充申报费用，管理人有权采取一系列措施。首先，管理人可以拒绝接受债权人的补充申报，即不对其债权进行审查确认。这意味着债权人的债权将无法在破产程序中得到处理，从而可能丧失其债权权益。其次，管理人可以在债权人应得的分配款中扣除相应的费用。如果债权人在破产程序中有应得的分配款，管理人可以在分配前扣除其应缴纳的补充申报费用。最后，管理人还可以考虑通过法律途径追究债权人的责任，要求其承担因逾期申报和拒绝缴费而产生的法律后果。

在处理过程中，管理人需要确保所有操作都符合法律法规的要求，并保留好相关证据和记录。同时，管理人也需要考虑到债权人的合法权益，确保处理过程公正、透明、合法。

综上所述，对于债权人逾期申报债权但拒绝缴纳补充申报费用的情况，管理人可以通过沟通、解释、拒绝接受申报、扣除分配款以及法律途径等措施进行处理。在处理过程中，管理人需要严格遵守法律法规，确保处理过程的合法性和公正性。