母子公司合作设立公司并不直接构成关联交易。具体分析如下：

1. 关联方与关联交易的定义：

   • 关联交易通常指的是关联方之间的交易。关联方是指一方控制、共同控制另一方或对另一方施加重大影响，以及两方或两方以上同受一方控制、共同控制或重大影响的情形。
   • 母公司和子公司虽然存在控制关系，但母子公司作为两个独立的法人实体，它们各自与其他实体（包括彼此）之间的交易需要单独考虑。

2. 母子公司合作设立公司的性质：

   • 当母子公司合作设立一个新公司时，这通常是一个新的投资行为，而不是一个直接的交易行为。
   • 新公司的设立涉及股权结构、出资方式、公司治理等多个方面，这些都需要根据具体的法律法规和商业安排来确定。

3. 法规差异与实际应用：

   • 如前所述，不同法规对关联方和关联交易的定义和界定存在差异。在实际应用中，需要根据具体的法规要求和商业环境来判断。
   • 在大多数情况下，母子公司合作设立公司并不被视为关联交易，除非存在特定的法规要求或商业安排。

4. 特殊情况下的考虑：

   • 如果母子公司之间在合作设立公司的过程中存在不公平的定价、非市场化的安排或其他损害公司利益的行为，那么这种合作可能会被视为关联交易，并需要遵循相关法规进行披露和报告。
   • 此外，如果母公司通过控制子公司来操纵新公司的设立和运营，以规避法律法规或损害其他股东的利益，那么这种行为也可能会受到法律的制裁。

综上所述，母子公司合作设立公司并不直接构成关联交易。然而，在实际操作中，需要关注具体的法规要求和商业环境，确保合作过程的合法性和合规性。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。