针对您提出的“虚开的税款数额1000多怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，虚开税款是一种违法行为，无论数额大小，都会受到相应的法律制裁。对于虚开税款数额为1000多元的情况，虽然金额相对较小，但仍然需要依法处理。

一、处理方式

1. 行政处罚：

   • 根据相关法律规定，若虚开税款数额未达到刑事立案标准（通常为1万元以上），一般由税务机关进行行政处罚。
   • 对于虚开1000多元的情况，税务机关可能会没收违法所得，并并处一定数额的罚款，罚款金额通常不会超过5万元。

2. 影响企业信用：

   • 税务违法行为会被记录在案，并可能影响企业的纳税信用等级。
   • 纳税信用等级降低可能会导致企业在税务、融资、招投标等方面受到限制。

二、后续建议

1. 及时补缴税款：

   • 如果尚未补缴税款，建议尽快与税务机关联系，补缴税款并接受处罚。
   • 补缴税款和接受处罚可以体现企业的诚信和改正错误的决心。

2. 加强内部管理：

   • 企业应加强对财务和税务管理的监督，确保所有税务申报和缴纳都符合法律法规。
   • 定期对员工进行税务法规培训，提高员工的税务合规意识。

3. 咨询专业税务机构：

   • 如果对税务处理有疑问或不确定如何处理，可以咨询专业的税务机构或律师。
   • 他们可以提供专业的建议和指导，帮助企业避免税务风险。

综上所述，虚开税款数额1000多元虽然金额不大，但仍然需要依法接受处理。企业应加强对税务管理的监督，确保税务合规，并咨询专业机构以获取准确的税务建议和指导。