专利案件中的违法所得，其计算方式需综合考虑多个因素，并遵循相关法律法规的规定。
一. 计算原则
- 依据《行政处罚法》及《工商行政管理机关行政处罚案件违法所得认定办法》的相关规定，违法所得的计算应基于当事人违法生产、销售商品或提供服务所获得的全部收入，扣除直接用于经营活动的适当且合理的支出。
二. 具体计算方法
全部收入的确定：这通常包括因侵权行为而获得的销售收入、服务费用等所有经济流入。例如，在专利侵权案件中，若侵权人通过销售侵权产品获得了收入，则该收入应计入全部收入中。
合理支出的扣除：合理支出应仅限于直接用于经营活动的、与侵权行为直接相关的支出。例如，原材料购进价款、直接人工费用等。但需注意，与侵权行为无直接关联的费用，如广告费用、管理费用等，通常不被视为合理支出进行扣除。
特殊情形的处理：
- 对于生产行为产生的违法所得，应按违法生产商品的全部销售收入扣除生产商品的原材料购进价款计算。
- 对于销售行为产生的违法所得，应按违法销售商品的销售收入扣除所售商品的购进价款计算。若存在“包邮”等营销策略，该费用通常不予以扣除。
- 对于假冒服务注册商标行为产生的违法所得，如果服务系明码标价且没有使用商品的，应以全部收入为违法所得；若既有使用商品商标又有服务商标的，应按违法提供服务的全部收入扣除该项服务中所使用商品的购进价款计算。
三. 法律依据
- 《中华人民共和国行政处罚法》第二十八条第二款规定了对违法所得的处理原则。
- 《工商行政管理机关行政处罚案件违法所得认定办法》第二条进一步细化了违法所得的计算方法。
我建议，在计算专利案件中的违法所得时，应严格遵循上述法律法规的规定，确保计算结果的准确性和合法性。同时，也应注意考虑具体案情的特殊性，以确保处罚的公正性和合理性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。