当企业收到虚开的普通发票时，应首先确认交易的真实性。如果交易确实发生，且企业并不知情对方虚开发票，那么可以按照以下步骤处理：

一、及时补开、换开发票

对于不合规的发票或其他外部凭证，如果相关支出是真实且已经实际发生的，企业应要求对方补开或换开发票。补开或换开后的发票如果符合规定，可以作为税前扣除的凭证。特别需要注意的是，如果发票对应的年度企业所得税汇算清缴期已经结束，企业应在被税务机关告知之日起60日内补开或换开符合规定的发票。

二、无法补开、换开发票时的处理

如果因对方注销、撤销、被吊销营业执照或被税务机关认定为非正常户等特殊原因，无法补开或换开发票，企业可以凭以下资料来证实支出的真实性，其支出仍然允许在税前扣除：

1. 无法补开、换开发票原因的证明资料（如工商注销、机构撤销、列入非正常经营户、破产公告等）；
2. 相关业务活动的合同或协议；
3. 采用非现金方式支付的付款凭证；
4. 如有的话，还可以提供货物运输的证明资料、货物入库、出库的内部凭证、企业会计核算记录以及其他相关资料。

其中，前三项为必备资料。

三、未能提供有效证明的处理

如果企业在规定的期限内未能补开、换开符合规定的发票，并且也未能提供相关资料来证实其支出的真实性，那么相应的支出将不得在发生年度进行税前扣除。此时，企业应在税务机关规定的期限内调整发生年度的企业所得税应纳税所得额，并进行企业所得税的更正申报。

四、关于虚开发票的处罚

根据相关规定，对于虚开发票的行为，税务机关将依据虚开的金额和情节的严重程度进行相应的处罚，包括但不限于没收违法所得、罚款等。因此，企业应严格遵守税收法规，确保所取得的发票合规有效，以避免不必要的法律风险和经济损失。

综上所述，企业在收到虚开的普通发票时，应积极配合税务机关的检查，并根据实际情况采取相应的措施来确保支出的真实性和合规性。同时，企业也应加强内部控制和风险管理，防范类似情况的发生。