是的，生产有毒有害的认定必须有证据。在司法实践中，对于生产、销售有毒、有害食品罪的认定，公诉机关需要承担主要的举证责任，以证明犯罪事实的成立。具体来说，公诉机关需要证明以下几个关键要点：
被告人实施了生产、销售行为：这通常通过生产记录、销售凭证、交易记录等相关证据来证明。例如，生产记录应清晰记载生产的时间、地点、数量等信息，销售凭证应能显示销售的对象、时间、金额等。
所生产、销售的食品含有有毒、有害的非食品原料：这一般依靠专业的检验鉴定报告来证实。报告需详细说明检测的方法、过程以及最终认定食品中有毒有害物质的种类和含量。
被告人主观上明知食品有毒、有害仍进行生产销售：这可综合被告人供述、证人证言、生产销售的环境条件等来判断。例如，被告人的供述是否稳定一致，证人证言是否相互印证，生产销售环境是否明显不符合安全规范等。
只有当上述要点都得到充分证明，且证据之间形成完整的证据链，才能依法认定被告人构成生产、销售有毒、有害食品罪。因此，证据在生产有毒有害的认定中起着至关重要的作用。