公司只缴纳三险是不合法的。根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，用人单位和劳动者必须依法参加社会保险，并缴纳社会保险费。这里所指的社会保险并非仅限于三险，而是由五类保险组成，即养老保险、医疗保险、生育保险、失业保险以及工伤保险，这五险是法定的，必须全部购买。

具体来说，养老保险是为了确保员工在达到退休年龄后能够领取养老金，保障其基本生活；医疗保险为员工提供医疗费用报销，以减轻因病致贫的风险；生育保险为女性员工提供生育期间的医疗和生育津贴等保障；失业保险则为员工在失业期间提供一定的生活保障和再就业服务；而工伤保险则是为员工在工作中受伤或患职业病时提供医疗、康复和经济补偿等保障。

如果公司未按照法律规定为员工缴纳全部社会保险，员工可以采取以下措施来维护自己的合法权益：

1. 与公司沟通：首先，员工可以尝试与公司进行沟通，要求公司按照法律规定缴纳全部社会保险。通过和平协商的方式解决问题是维护员工权益的第一步。

2. 向劳动监察部门举报：如果公司拒绝履行法定义务，员工可以向当地劳动监察部门举报。劳动监察部门将对公司进行调查，并根据调查结果依法作出处理。

3. 寻求法律援助：在必要时，员工还可以寻求法律援助，向法院提起诉讼。通过法律途径来维护自己的合法权益是员工在面临公司违法行为时的有力武器。

综上所述，公司只缴纳三险是不合法的，员工应当了解自己的权益，并在必要时采取相应措施来维护自己的合法权益。