新能源运输车在法律上是合法的，并且国家及地方政府正在积极推广和支持新能源运输车的使用。以下是对新能源运输车合法性的详细解答：

一、国家层面的支持

1. 政策鼓励：国家发展改革委、财政部、交通运输部等部门已联合发布多项通知，明确鼓励新能源城市公交车及动力电池的更新工作，并提供相应的补贴政策。这表明国家对新能源公共交通工具的推广和使用持积极态度。

2. 补贴政策：根据相关政策，对于更新新能源城市公交车的，每辆车平均补贴8万元；对于更换动力电池的，每辆车补贴4.2万元。这些补贴政策不仅降低了新能源运输车的购置成本，也促进了其市场的快速发展。

二、地方层面的实施

1. 通行证制度：以北京为例，为进一步促进物流行业降本增效、货车报废更新和新能源化，北京市交通委等部门联合印发了《关于本市五环路内新能源物流配送车辆优先通行的通告》。该通告明确了对符合相关要求的新能源货车发放新能源货车昼运通行证，使其在特定时段和路段内享受通行便利。

2. 申请条件与流程：新能源货车需满足一定的条件才能申请通行证，包括车辆类型、注册地点、数据上传等要求。申请流程也相对简便，单位或其承运单位可在相关网站进行申请，3个工作日内即可发放电子通行证。

3. 通行限制与优惠：持证新能源货车在遵守时段、路段限制要求的前提下，可在规定时段内通行全市未设置货车昼夜禁行标志的道路。这一政策不仅提高了新能源货车的通行效率，也降低了其运营成本。

三、总结

综上所述，新能源运输车在法律上是合法的，并且受到国家和地方政府的积极推广和支持。通过政策鼓励和补贴政策，国家降低了新能源运输车的购置成本；通过通行证制度和通行限制与优惠，地方政府提高了新能源货车的通行效率和运营成本效益。因此，可以预见新能源运输车在未来将得到更广泛的应用和发展。