关于“事实上的建设工程转包合同关系”这一问题，我们可以从以下几个方面进行深入探讨：
一、核心结论
在实际施工人与内部承包人签署合作协议后，即与承包人基于内部承包协议、合作协议形成事实上的直接转包关系，实际施工人有权向转包人主张权利。
二、法律解释与案例支撑
法律解释：
- 根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释(一)》第四十三条：“实际施工人以转包人、违法分包人为被告起诉的，人民法院应当依法受理。实际施工人以发包人为被告主张权利的，人民法院应当追加转包人或者违法分包人为本案第三人，在查明发包人欠付转包人或者违法分包人建设工程价款的数额后，判决发包人在欠付建设工程价款范围内对实际施工人承担责任。”
案例支撑：
- 在最高人民法院(2023)最高法民申1418号案件中，再审申请人某甲公司主张其不是实际施工人周某的前手合同相对人，也不是发包人，因此周某不能向其主张工程款。但法院最终认定，某甲公司与内部承包人陈某签订《装饰装修工程内部考核认定书》后，陈某又与周某签订《合作协议》，基于此，周某与某甲公司之间形成了事实上的直接转包关系，周某作为实际施工人有权向转包人某甲公司主张权利。
三、深度分析与法律建议
合同相对性原则的突破：
- 在建设工程领域，为保护实际施工人的利益，法律允许在一定条件下突破合同相对性原则，即实际施工人不仅可以向其前手合同相对人主张权利，还可以向发包人主张权利。在本案中，由于某甲公司与陈某签订了内部承包协议，而陈某又与周某签订了合作协议，因此周某与某甲公司之间形成了事实上的转包关系，周某有权向某甲公司主张权利。
法律建议：
- 对于实际施工人而言，在签订合作协议时，应明确合同相对方的身份和地位，以及双方的权利和义务，以确保在发生纠纷时能够有明确的法律依据。
- 对于承包人而言，应加强对内部承包人的管理和监督，确保内部承包协议的合法性和有效性，以避免因内部承包人的不当行为而承担不必要的法律责任。
综上所述，事实上的建设工程转包合同关系是基于内部承包协议和合作协议而形成的，实际施工人有权向转包人主张权利。在签订相关协议时，各方应明确各自的权利和义务，以确保合同的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。