黑车超载应由交警部门和交通运输执法部门共同处理。

首先，交警部门负责查处超载等交通违法行为。如果黑车超载，交警有权对车辆进行拦截，并对驾驶人进行处罚。处罚可能包括罚款、记分，甚至可能涉及刑事责任，如《中华人民共和国刑法》中规定的，从事校车业务或者旅客运输，严重超过额定乘员载客的情形，将可能面临拘役和罚金的处罚。

其次，交通运输执法部门负责处理非法营运行为。黑车通常指没有合法营运资质的车辆，它们非法搭载乘客并收取费用。这种行为不仅扰乱了正常的客运市场秩序，还存在极大的安全隐患。因此，交通运输执法部门会对涉嫌非法营运的黑车进行进一步处理，可能包括罚款、暂扣车辆等行政处罚。

综上所述，黑车超载是一个涉及多个部门的违法行为，需要交警部门和交通运输执法部门共同协作，从多个角度对违法行为进行查处和纠正。同时，也提醒广大乘客，为了自身安全，应选择正规营运车辆，拒绝乘坐黑车，并自觉抵制超员客车。如遇黑车超载等违法行为，可及时向公安机关举报。