民法典中合法计算违约金的方式需严格遵循法律规定与合同约定，以下是详细解析：

一、违约金计算的基本原则

1. 依据当事人约定：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方可以事先在合同中明确约定违约金的计算方式或具体数额。
   • 约定的方式可以是固定比例（如合同总价款的10%）、固定数额，或者与违约造成的损失挂钩（如赔偿守约方因违约所遭受的全部损失）。

2. 法定调整机制：

   • 若约定的违约金过分高于或低于实际造成的损失，违约方或非违约方均有权请求人民法院或仲裁机构予以适当调整。
   • 调整时，法院或仲裁机构会综合考虑实际损失、合同履行情况、当事人过错程度及预期利益等因素，确保违约金的合理性。

3. 无约定时的处理：

   • 若合同中没有约定违约金，受损害方仍可以主张违约方赔偿因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益。
   • 但赔偿数额不得超过违约方在订立合同时预见到或应当预见到的因违约可能造成的损失。

二、违约金的计算方法

1. 固定比例或数额：

   • 直接按照合同约定的比例或数额计算违约金。

2. 与损失挂钩：

   • 先确定守约方的实际损失，包括直接损失和间接损失。
   • 违约金数额以实际损失为基础，但可根据合同约定或法律规定进行适当调整。

3. 迟延履行违约金：

   • 对于迟延履行的情况，通常按照迟延履行的天数和合同约定的日违约金率来计算。

三、特殊情形下的处理

• 在某些特殊情形下，如继续履行与违约金并用时，违约金的计算仍需遵循合同中的约定或法律规定。
• 若涉及培训费用与违约金的赔付问题，需根据具体情形判断，关键在于审查协议约定以及是否符合相关法律规定。

综上所述，民法典中违约金的计算需严格遵循法律规定与合同约定，并确保违约金的合理性。在实际操作中，应综合考虑各种因素，确保违约金的计算既符合法律要求，又能有效维护合同双方的合法权益。