工程使用禁止材料，将由县级以上地方人民政府建设主管部门责令改正，并处以相应罚款，情节严重的还可能面临停业整顿、降低资质等级或吊销资质证书等处罚。具体分析如下：
一. 处理措施及法律依据
责令改正与罚款：
- 根据《民用建筑节能条例》第41条，施工单位使用列入禁止使用目录的技术、工艺、材料和设备的，由县级以上地方人民政府建设主管部门责令改正，处10万元以上20万元以下的罚款。罚款的具体数额会根据违法行为的严重程度有所区分，如轻微违法行为可能处10万元以上13万元以下的罚款，一般违法行为处13万元以上17万元以下的罚款，严重违法行为则处17万元以上20万元以下的罚款。
情节严重的额外处罚：
- 如果情节严重，除了罚款外，还可能由颁发资质证书的部门责令停业整顿，降低资质等级或者吊销资质证书。这是为了对严重违法行为进行更严厉的惩戒，以维护建筑市场的秩序和公共安全。
造成损失的赔偿责任：
- 使用禁止材料如果造成损失，施工单位还需要依法承担赔偿责任。这是为了保护受害者的合法权益，确保违法者承担其行为带来的后果。
二. 处理流程
- 立案：通常通过投诉、举报、上级机关交办、其他机关移送、媒体曝光、安全事故报告、12345热线转件或现场检查等方式发现违法违规行为，并进行立案处理。
- 调查：执法人员会出示执法身份证件，表明执法身份，并依法调查和保存证据，判断违法事实是否存在以及违法主体是否正确。
- 告知：在作出行政处罚前，会告知当事人作出行政处罚决定的事实、理由及依据，并告知当事人依法享有的权利。
- 决定：充分听取当事人的意见后，会作出行政处罚决定，并出具行政处罚决定书。
我建议您，如果工程确实使用了禁止材料，应尽快配合相关部门的调查，主动改正违法行为，并采取措施防止类似情况再次发生。同时，也要关注可能面临的法律后果，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如有进一步需要，您可以继续咨询我。