施工单位使用不合格材料将面临严厉的处罚，主要包括罚款、返工修理、停业整顿、降低资质等级甚至吊销资质证书等。以下是对这一问题的详细分析：
罚款与返工修理：
- 根据《建设工程质量管理条例》第六十四条，施工单位在施工中使用不合格的建筑材料、建筑构配件和设备的，首先会被责令改正，并处以工程合同价款2%以上4%以下的罚款。
- 若因此造成建设工程质量不符合规定的质量标准的，施工单位还需负责返工、修理，并赔偿因此造成的损失。
停业整顿与降低资质等级：
- 在情节严重的情况下，如施工单位多次违规或违规行为导致严重后果，相关部门会责令施工单位停业整顿，并可能降低其资质等级。
- 停业整顿期间，施工单位将无法承接新的工程项目，这对其业务运营将产生重大影响。
吊销资质证书：
- 对于情节特别严重的违规行为，如施工单位使用不合格材料导致重大安全事故或严重质量问题，相关部门有权吊销其资质证书。
- 吊销资质证书意味着施工单位将失去从事建设活动的资格，这对其来说是极其严厉的处罚。
其他可能的法律后果：
- 除了上述行政处罚外，施工单位还可能面临民事赔偿责任。若因使用不合格材料导致工程质量问题或安全事故，施工单位需对受损方进行赔偿。
- 在极端情况下，如施工单位的行为构成犯罪，如生产、销售伪劣产品罪等，相关责任人还可能面临刑事处罚。
法律建议：
- 施工单位应严格遵守相关法律法规，确保使用的建筑材料、建筑构配件和设备符合质量标准。
- 施工单位应建立完善的内部质量控制体系，对采购的材料进行严格检验和验收，确保工程质量。
- 若施工单位发现使用了不合格材料，应立即停止使用，并主动向相关部门报告，积极配合调查和处理工作，以减轻可能的法律后果。
实际案例参考：
- 在实际工程中，已有施工单位因使用不合格材料而受到严厉处罚的案例。这些案例通常涉及大型工程项目，因材料质量问题导致工程进度延误、质量不达标甚至安全事故等严重后果。相关部门在调查后，对施工单位进行了罚款、停业整顿甚至吊销资质证书等处罚。
综上所述，施工单位使用不合格材料将面临严重的法律后果。因此，施工单位应高度重视材料质量控制工作，确保合规经营，以避免不必要的法律风险和经济损失。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。