在招投标法中，招标代理机构和中标供应商存在利害关系是不被允许的，但这并非绝对禁止，需要具体分析是否可能影响招标公正性。

首先，我们要明确《招标投标法实施条例》第三十四条第一款的规定：与招标人存在利害关系可能影响招标公正性的法人、其他组织或者个人，不得参加投标。这一条款同样适用于招标代理机构，因为招标代理机构是接受招标人的委托，具体负责办理招投标事宜的机构，其身份在某种程度上等同于招标人。

然而，这一条款并没有一概禁止与招标人（或招标代理机构）存在利害关系的法人、其他组织或者个人参与投标。构成本条规定的情形需要同时满足两个条件：一是“存在利害关系”，二是“可能影响招标公正性”。如果招投标活动依法进行、程序规范，即使存在某种“利害关系”，但该“利害关系”并不影响招标公正性的，那么相关的法人、其他组织或者个人是可以参加投标的。

在具体实践中，与招标代理机构存在利害关系的供应商，如果其参与投标可能会引发公众对招标公正性的质疑，或者存在串通、协同等不正当行为的风险，那么这样的供应商是不应该被允许参与投标的。相反，如果供应商与招标代理机构之间的利害关系并不足以影响招标的公正性，且招投标过程依法合规、公平公正，那么这样的供应商是可以参与投标的。

综上所述，招标代理机构和中标供应商之间存在利害关系是否允许，需要根据具体情况来判断。如果这种利害关系可能影响招标公正性，那么是不被允许的；如果这种利害关系并不影响招标公正性，且招投标过程依法进行、程序规范，那么是可以被允许的。如果您在这方面有具体的法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。