关于事业单位合并改制后存在两个基本账户是否违反规定的问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

首先，明确结论：

事业单位合并改制后，如果未经合法授权或批准而保留或开设两个基本账户，很可能违反了相关的财务管理和账户管理规定。

接下来，详细分析：

1. 账户管理规定的角度：

   • 根据我国现行的财务管理和银行账户管理规定，一个单位通常只能开设一个基本存款账户，用于办理日常转账结算和现金收付业务。
   • 如果事业单位在合并改制后，未经相关部门（如财政部门、银行监管机构等）的批准，擅自保留或开设了两个基本账户，那么这一行为就违反了账户管理的规定。

2. 财务管理规范的角度：

   • 事业单位作为公共机构，其财务管理应当遵循严格的规范和制度。
   • 合并改制后的事业单位应当整合原有的财务资源，包括银行账户，以确保财务管理的统一性和规范性。
   • 保留两个基本账户可能导致财务管理上的混乱，增加财务风险，同时也可能违反相关的财务管理规范。

3. 法律后果的角度：

   • 如果事业单位因违反账户管理规定或财务管理规范而被相关部门查处，可能会面临一系列的法律后果，包括罚款、警告、责令改正等。
   • 此外，这一行为还可能对事业单位的声誉和信用造成不良影响，影响其未来的融资和业务发展。

因此，建议如下：

事业单位在合并改制后，应当及时整合原有的银行账户，确保只保留一个基本存款账户，并遵循相关的财务管理和账户管理规定。如果因特殊原因需要保留或开设多个账户，应当及时向相关部门申请批准，并严格按照批准的内容进行操作。

如果你对事业单位合并改制后的财务管理或账户管理有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。