政府部门有两个基本户，可能违反了《人民币银行结算账户管理办法》的相关规定。具体分析如下：

一. 法规依据

• 根据《人民币银行结算账户管理办法》第四条，单位银行结算账户的存款人只能在银行开立一个基本存款账户。这一规定明确指出了单位（包括政府部门）在银行开立基本存款账户的数量限制，即只能开立一个。

二. 法规解读

1. 基本存款账户的定义：基本存款账户是存款人因办理日常转账结算和现金收付需要开立的银行结算账户，是存款人的主办账户。对于政府部门而言，其基本存款账户应满足其日常财务活动的需要。
2. 数量限制：上述法规明确规定，单位银行结算账户的存款人只能在银行开立一个基本存款账户。这意味着，如果政府部门已经在某家银行开立了一个基本存款账户，那么它就不能再在其他银行或同一银行的不同分支机构开立另一个基本存款账户。

三. 结论与建议

• 结论：因此，政府部门如果有两个基本户，就违反了《人民币银行结算账户管理办法》中关于单位银行结算账户数量限制的规定。
• 建议：政府部门应当立即进行自查，确认是否存在违规开立多个基本存款账户的情况。如果存在，应尽快与开户银行沟通，关闭多余的基本存款账户，以确保符合法规要求。同时，应加强内部管理，确保未来在开设银行账户时严格遵守相关规定。

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