品牌连锁店可以在一起结算，且这种行为是合法的。

首先，从法律角度来看，连锁店作为独立的经营主体，它们之间有权对相互之间的财务往来进行核对和清算。这种对账和结算行为，有助于确保账务的准确性和明晰性，防范财务风险，并保障各方的合法权益。

其次，在实际操作中，连锁店通常会依据相关的财务制度和会计准则进行对账和结算。通过核对账目、结算款项等方式，可以使各连锁店之间的财务关系更加清晰、规范。只要对账和结算过程遵循合法、公正、透明的原则，不违反法律法规和商业道德，就是被法律所认可和允许的。

总的来说，品牌连锁店在一起结算不仅有助于财务管理的规范化和透明化，也是符合法律法规的。如果在具体操作中遇到任何问题或纠纷，建议及时咨询专业律师，以确保权益得到妥善保护。当然，如果你有任何关于连锁店结算或其他公司法务方面的问题，都可以直接向我咨询。