子公司不能仅因其为大型企业的子公司就被直接认定为非中小企业。具体是否认定为中小企业，需根据《中小企业划型标准规定》及实际情况来判断。

1. 根据相关政策法规：

   • 根据《政府采购促进中小企业发展管理办法》(财库〔2020〕46号)的规定，大型企业直接控股、管理的公司，不能认定为中小企业。这一规定主要是为了防止大型企业通过其子公司挤占中小企业的政策资源，或规避大型企业的法律责任。
   • 同时，政策也考虑到了一些特殊情况，即使是大型企业的子公司，如果其符合中小企业划型定量标准，并且没有违反相关规定中的“定性”标准（如非大型企业全资子公司直接控股超过50%等），那么它仍然有可能被认定为中小企业。

2. 结合用户具体情况：

   • 在您所描述的场景中，一大型集团公司和旗下A全资子公司共同100%控股B子公司（集团公司控股98%，A全资控股2%），而后B子公司直接控股55%C子公司。这里需要分析C公司的实际经营情况、财务数据、人员构成等多方面因素，以及是否满足中小企业划型标准中的其他条件。
   • 如果C公司虽然由B子公司控股55%，但其在经营上保持独立性，财务上自负盈亏，且没有违反“定性”标准中的其他情形（如与大型企业或大型企业全资子公司的法定代表人为同一人等），那么C公司仍有可能根据中小企业划型标准被认定为中小企业。

3. 法律建议：

   • 在实际操作中，企业应仔细研究《中小企业划型标准规定》及其相关修订征求意见稿，确保自身符合中小企业的认定条件。
   • 如有需要，企业可以寻求专业律师或相关机构的帮助，进行详细的法律分析和咨询，以确保自身权益的最大化。

综上所述，子公司是否能被认定为中小企业，并非单纯取决于其是否为大型企业的子公司，而是需要综合考虑多个因素，包括但不限于其经营规模、财务数据、人员构成等，并根据中小企业划型标准来进行判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。