当您遇到付款未明确指定是哪笔合同款的情况时，确定款项归属确实需要一些细致的工作。以下是一些具体的步骤和建议，希望能帮助您解决这个问题：

首先，仔细审查相关合同和文件是非常关键的。您需要查看与这笔款项可能相关的所有合同和文件，包括主合同、补充协议、备忘录、发票、付款通知等。这些文件中可能包含关于款项用途、支付方式或关联合同的明确说明，从而帮助您确定款项的具体归属。

其次，如果审查后仍然无法明确款项的归属，依据多因素进行综合判断可能是一个有效的方法。您可以考虑以下几个方面：

• 合同签订时间：款项支付的时间与哪个合同的签订时间更为接近？
• 合同内容与款项的关联性：哪个合同的内容与这笔款项的用途、金额、支付方式等更为契合？
• 交易习惯和商业逻辑：根据双方的交易习惯和商业逻辑，这笔款项更符合哪个合同的约定？

在综合这些因素后，您可能会对款项的归属有一个更为清晰的认识。

如果以上方法仍然无法确定款项的归属，与对方进行协商是一个必要的步骤。您可以与对方沟通，说明您的情况和疑虑，并尝试达成一致意见。在协商过程中，保持平和、理性的态度是非常重要的，这有助于双方建立信任并找到共同的解决方案。

最后，如果协商无果，寻求司法途径可能是解决争议的最终方式。您可以向有管辖权的法院提起诉讼，请求法院根据具体的事实和证据来认定款项对应的合同。在这个过程中，您需要准备充分的证据材料，并聘请专业的律师为您提供法律支持和代理服务。

总之，面对付款未明确指定是哪笔合同款的情况，您需要仔细审查相关合同和文件、依据多因素进行综合判断、与对方进行协商，并在必要时寻求司法途径来解决争议。希望这些建议能对您有所帮助。