修改纸质版合同本身并不违法，关键在于修改的方式和目的。

1. 合法修改：如果合同双方当事人协商一致，愿意修改合同内容，并且修改后的内容不违反相关法律规定，那么这种修改是合法有效的。例如，双方在签订合同时就约定了可以修改合同的情况，或者在实际履行过程中，由于某些客观原因需要修改合同，只要双方达成一致，并且修改内容合法，就是可以的。

2. 单方面私自修改：如果是合同的一方当事人单方面故意私自修改合同，隐瞒双方当事人的真实意思，并且有证据证明这一点，那么可以认为该合同修改部分无效。这种情况下，修改合同的行为就可能构成违约，甚至可能引发法律纠纷。

3. 非法目的：如果修改合同的目的是为了侵占其他人的合法财产，或者进行其他非法活动，那么这种行为就可能涉嫌犯罪，比如诈骗罪等。

因此，在修改纸质版合同时，一定要确保双方协商一致，并且修改内容合法。如果有任何疑问或不确定的地方，建议咨询专业律师，以避免不必要的法律风险。当然，如果你在这方面有任何问题，可以直接向我咨询，我作为专业律师，会为你提供专业的法律建议。