非法侵入住宅罪会留案底。具体分析如下：

1. 案底定义：案底一般指某人过去犯法或犯罪行为的记录，又称犯罪人员犯罪记录制度。在我国法律中，通常指有过刑事犯罪前科的档案记录，该犯罪档案一般存放于公安部门。

2. 留案底情况：

   • 若非法侵入住宅的行为被认定为犯罪，且经过法庭审判并判定被告人有罪，那么此事件便会以“案底”的形式被记录下来。
   • 刑事处罚的记录可以在公安机关、检察院、法院查询到。即使判处缓刑，也会在司法局查询到相关记录。
   • 只要涉及的案件被最终确认违法犯罪属实，无论是否受到实际处罚，都会留下案底。

3. 不留案底情况：

   • 如果非法侵入住宅的行为情节轻微，尚未达到犯罪的程度，仅仅受到轻视治安管理的惩罚，如行政拘留或罚款等措施，则通常不会留下刑事案底。但此类违法记录仍然会留在公安机关的档案之中。

4. 特殊规定：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，犯罪时不满十八周岁，被判处五年有期徒刑以下刑罚的，应当对相关犯罪记录予以封存。犯罪记录被封存的，不得向任何单位和个人提供，但司法机关为办案需要或有关单位根据国家规定进行查询的除外。

综上所述，非法侵入住宅罪在大多数情况下会留下案底，但具体是否留案底还需结合案件的具体情况及相关的法律法规进行全面的分析和判断。如果您或您身边的人面临此类问题，建议尽早咨询专业律师以获取更准确的法律意见。