迟到扣工资是否合法，主要取决于企业规章制度的制定程序是否合法、内容是否合理，以及扣工资额度是否符合规定等因素。具体来说：

1. 合法性前提：

   • 企业规章制度中关于迟到扣工资的规定，必须通过民主程序制定，即经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。
   • 规章制度制定后，应向员工公示或告知，确保员工知晓并同意相关规定。
   • 扣工资的规定不得违反法律法规的强制性规定。

2. 扣工资合理性：

   • 扣罚金额应合理，不能过高，且应符合《工资支付暂行规定》中关于扣除比例和最低工资标准的限制。即，扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
   • 若扣工资规定明显不合理，如迟到几分钟就扣除高额工资，这样的扣工资行为可能不被法律认可。

3. 特殊情况处理：

   • 若员工因不可抗力等合理原因导致迟到，企业应考虑实际情况，避免盲目扣工资。
   • 对于无故迟到的情况，企业在合理范围内扣工资是合法的。

4. 法律依据：

   • 《中华人民共和国劳动法》第四十三条规定，用人单位不得无故克扣劳动者的工资。但因劳动者违规行为导致的合理罚款并不在此限制之内。
   • 《工资支付暂行规定》第十五条及第十六条也对此有相关规定，允许用人单位在依法制定的规章制度中约定罚款制度，并规定了罚款的限额和最低工资标准的保障。

综上所述，迟到扣工资并非一概而论地合法或违法，而是取决于多个因素的综合考量。企业在制定和执行相关规章制度时，应严格遵守法律法规的要求，确保劳动者的合法权益得到充分保障。若员工认为企业的迟到扣工资行为不合法或存在争议，可与用人单位协商解决；协商不成的，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。