关于运输执法管辖权的问题，我可以为您详细解答如下：

结论前置：运输执法的管辖权主要由违法行为发生地的执法部门行使，但在特定情况下，如违法行为具有连续性、持续性，或涉及多个地域时，管辖权可能由最先立案的执法部门或共同的上一级部门指定。

详细解释：

1. 一般原则：

   • 根据《中华人民共和国交通运输行政执法程序规定》，行政处罚由违法行为发生地的执法部门管辖。这意味着，如果某运输行为违法，那么该行为发生地的交通运输执法部门就有权进行处罚。

2. 特殊情况：

   • 同一违法行为，多个部门有管辖权：若对当事人的同一违法行为，两个以上执法部门都有管辖权，那么由最先立案的执法部门管辖。
   • 管辖权争议：如果两个以上执法部门因管辖权发生争议，应当协商解决；协商不一致的，报请共同的上一级部门指定管辖。
   • 案件移送：执法部门发现所查处的案件不属于本部门管辖的，应当移送有管辖权的其他部门。如果违法行为涉嫌犯罪，还需依照相关规定将案件移送公安机关或其他有管辖权机关。

3. 跨行政区域案件：

   • 对于跨行政区域的案件，相关执法部门应当相互配合，并由相关行政区域执法部门共同的上一级部门做好协调工作。

4. 实际案例应用：

   • 以客运经营者不按批准配客站点停靠为例，如果某客运经营者在B地（非A市辖区内）不按照批准的配客站点停靠，但在A市被执法人员查获，那么A市交通运输执法部门是否有权管辖？根据《中华人民共和国行政处罚法》及全国人大法工委的释义，违法行为发生地包括违法行为的实施地、开始地、途径地、结束地等。因此，A市作为违法行为途径地，有权依法进行管辖。

综上所述，运输执法的管辖权主要遵循“违法行为发生地”原则，但在特殊情况下会有所调整。如果您在具体案件中遇到管辖权问题，建议咨询当地交通运输执法部门或专业律师以获取更准确的法律意见。