交通运输执法中的公安机关交通管理部门有指挥交通的权利。具体分析如下：
一. 公安机关交通管理部门的执法权限
- 交通安全秩序管理：公安机关交通管理部门负责交通安全秩序的管理，这其中包括在拥堵或事故现场指挥交通，以保障道路的有序通行。这一权限直接赋予了公安机关交通管理部门指挥交通的权利，以确保道路交通安全和畅通。
- 例如，在发生交通事故或道路拥堵时，交警会到达现场进行指挥，引导车辆有序通行，避免进一步的混乱和危险。
二. 相关法律依据
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，公安机关交通管理部门负责道路交通安全管理工作，包括交通指挥与疏导，以维护交通秩序，保障道路畅通。
- 具体法条如《中华人民共和国道路交通安全法》中并未直接提及“指挥交通”的字眼，但从其赋予公安机关交通管理部门的职责中，可以明确推断出指挥交通是其中的一项重要内容。如在拥堵或事故现场，交警的指挥行为即是其履行交通安全秩序管理职责的具体体现。
综上所述，交通运输执法中的公安机关交通管理部门确实拥有指挥交通的权利，这是其维护道路交通安全和秩序的重要职责之一。如有进一步需要，您可以继续咨询我。