当案件超过诉讼时效时，法院的处理方式主要依据相关法律规定。若被告提出诉讼时效抗辩且经查证属实，法院通常会判决驳回原告的诉讼请求，除非存在诉讼时效中断、中止或延长的特殊情况。若被告未提出抗辩，法院则不会主动适用诉讼时效规定进行裁判。以下是详细分析：

1. 立案受理阶段：

   • 根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二百一十九条，当事人超过诉讼时效期间起诉的，人民法院应予受理。即法院在立案时不会主动审查是否超过诉讼时效，只要当事人的起诉符合民事诉讼法规定的立案条件，法院就会受理案件。

2. 审理阶段：

   • 当事人提出时效抗辩：
     • 若被告在诉讼中以原告的诉讼请求超过诉讼时效为由提出抗辩，且法院经审理查明该抗辩事由成立，根据《中华人民共和国民法典》第一百九十二条第一款，法院会判决驳回原告的诉讼请求。
     • 存在一些特殊情形可能导致诉讼时效中断、中止或延长，如原告能够证明存在这些法定事由，诉讼时效可能未届满，法院会继续审理案件。
   • 当事人未提出时效抗辩：
     • 根据《最高人民法院关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》第三条，若被告未提出诉讼时效抗辩，人民法院不应对诉讼时效问题进行释明及主动适用诉讼时效的规定进行裁判，即法院会正常审理案件并根据案件事实和证据作出裁判。

3. 上诉阶段：

   • 当事人在一审期间未提出诉讼时效抗辩，而在二审期间提出的，人民法院一般不予支持，但基于新的证据能够证明对方当事人的请求权已过诉讼时效期间的情形除外。

4. 特殊情况处理：

   • 在某些情况下，虽然案件超过了诉讼时效，但如果当事人之间存在特定的约定或者法律另有特别规定，法院可能会根据这些约定或规定来处理案件。
   • 如果当事人在诉讼过程中自愿履行义务，即使超过了诉讼时效，法院也会认可其效力。

综上所述，超过诉讼时效的案件，法院的处理方式取决于被告是否提出诉讼时效抗辩以及是否存在特殊情况。因此，作为当事人，在提起诉讼前应仔细了解相关法律法规和司法解释的规定，以免因超过诉讼时效而丧失胜诉权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。