在分公司有合同纠纷期间，总公司股东转股是可以的，但需注意相关法律风险和程序。下面我将详细解释这一结论：

1. 法律层面分析：

   • 股东转股，即股权转让，是公司法赋予股东的一项基本权利。只要符合公司章程和相关法律规定，股东有权将其持有的股权转让给他人。
   • 分公司的合同纠纷，虽然可能涉及公司的经济利益和声誉，但通常不会直接限制或禁止总公司股东的股权转让行为。

2. 实际操作考虑：

   • 在进行股权转让时，股东应确保转让过程符合公司章程和法律规定，包括但不限于签订股权转让协议、办理股权变更登记等手续。
   • 考虑到分公司合同纠纷可能带来的潜在风险，股东在转让股权时可能需要更加谨慎地评估公司的整体状况和未来前景，以合理确定股权转让价格。
   • 如果分公司合同纠纷可能对公司造成重大不利影响，甚至导致公司面临法律诉讼或赔偿责任，那么这些风险因素可能会影响到股权转让的顺利进行和股权价值的评估。

3. 特殊情形说明：

   • 如果公司章程或股东协议中有特别约定，比如规定在某些特定情况下（如公司面临重大法律纠纷时）股东不得转让股权，那么股东就需要遵守这些约定。
   • 另外，如果股权转让涉及到国有股权或外资股权，还需要遵守相关的特殊法律规定和审批程序。

综上所述，虽然分公司有合同纠纷期间总公司股东可以转股，但在实际操作中需要充分考虑各种法律风险和程序要求。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。