针对“医疗机构校验不通过怎么处罚”的问题，以下是根据相关法律法规和流程提供的详细解答：
一、法律依据
医疗机构校验不通过的处罚主要依据以下法律法规：
- 《中华人民共和国行政处罚法》（中华人民共和国主席令第70号，2021年1月22日修订）
- 《医疗机构管理条例》（中华人民共和国国务院令第149号，2016年2月6日修改）
- 《医疗机构管理条例实施细则》（中华人民共和国卫生部令第35号）
- 《卫生行政处罚程序》（1997年6月19日中华人民共和国卫生部令第53号）
二、处罚流程与措施
初步审核与立案：
- 卫生健康行政机关在发现或接到举报后，会对案件进行初步审核。
- 符合立案条件的，将在七日内立案查处。
调查取证：
- 立案后，卫生健康行政机关将组织执法人员进行调查取证，查明违法事实。
- 调查取证必须有两名以上执法人员参加，并出示有关证件。
- 证据包括书证、物证、视听材料、证人证言、当事人陈述、鉴定结论、勘验笔录、现场检查笔录等。
处理意见：
- 调查终结后，执法人员将制作调查报告，并根据认定的违法事实、性质、情节以及社会危害程度，提出处理意见。
- 对于确有应受行政处罚的违法行为，将依法提出卫生健康行政处罚的意见。
告知与听证：
- 在作出行政处罚之前，卫生健康行政机关会及时告知当事人拟作出的行政处罚内容及事实、理由和依据，以及当事人依法享有的权利。
- 对于责令停产停业、吊销许可证或者较大数额罚款等行政处罚决定，当事人有要求举行听证的权利。
行政处罚决定：
- 行政处罚决定由卫生健康行政机关负责人根据情节轻重及具体情况作出。
- 行政处罚决定书应当在宣告后当场交付当事人，并取得送达回执。
执行与结案：
- 当事人应当在行政处罚决定书载明的期限内履行行政处罚决定。
- 如当事人不履行行政处罚决定，卫生健康行政机关可以采取加处罚款、申请人民法院强制执行等措施。
- 行政处罚决定履行或者执行后，执法办案人员将制作结案报告，并将有关案件材料进行整理归档。
三、具体处罚措施
对于医疗机构校验不通过的情况，具体的处罚措施可能包括：
- 暂缓校验：如医疗机构未能达到设置基本标准，卫生健康局可能会依法予以暂缓校验，并要求在规定期限内提出再次校验申请。
- 注销备案凭证：如医疗机构在暂缓校验期满后未提出再次校验申请或再次校验不合格，卫生健康局将注销其《诊所备案凭证》或《中医诊所备案证》。
- 罚款：根据违法行为的严重程度，卫生健康行政机关可能会对医疗机构处以罚款。
- 其他行政处罚：如责令停产停业、吊销许可证等。
四、注意事项
- 医疗机构在暂缓校验期间，不得擅自开展诊疗活动，不得发布医疗服务信息和广告。
- 如对行政处罚决定有异议，当事人可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。
综上所述，医疗机构校验不通过将面临一系列严格的处罚措施，包括暂缓校验、注销备案凭证、罚款等。因此，医疗机构应严格遵守相关法律法规和规定，确保校验顺利通过。